Am 19. August 2004 begann der öffentliche Betatest für den Nachfolger Counter-Strike: Source (CS:S), der mit der offiziellen Veröffentlichung über die Steam-Plattform am 7. Oktober 2004 endete. CS:S ist eine Umsetzung des Counter-Strike-Prinzips auf die von Valve entwickelte Source-Grafik-Engine, welche in Half-Life 2 zum Einsatz kommt. Dank der Verwendung der Havok-Physik-Engine können nun Ereignisse in der Spielwelt, z. B. umfallende und rollende Fässer, oder auch schwingende Seilbahnen und dergleichen realistischer dargestellt werden.

CS:S lag dem am 16. November 2004 erschienenen Half-Life 2 bei und ist im Oktober 2005 in einer neuen Verkaufsversion erschienen, welche von Electronic Arts publiziert wird und zusätzlich noch Day of Defeat: Source sowie Half-Life 2: Deathmatch enthält.

Mit dem am 5. November 2004 veröffentlichten Software Development Kit für die Source-Engine wurde die Möglichkeit gegeben, neue Karten für CS:S zu erstellen. Der am 19. Januar 2005 erschienene Patch fügte Bots für CS:S hinzu, so dass das Spiel nach dem Steam-Login im Internet auch offline gespielt werden kann.

Obwohl sich mittlerweile auch die Source-Variante von Counter-Strike großer Beliebtheit erfreut, stößt sie bei den sogenannten Progamern immer noch auf harsche Kritik. Vor allem das sogenannte „Blocking“ durch Ragdolls (bewegliche Gegenstände), wie zum Beispiel Tonnen und Kisten, das zu unkoordinierten und unbeeinflussbaren Bewegungen der Spielfigur führen kann und somit für einen unerwünschten Zufallseffekt sorgt, ruft viel Missmut hervor und behindert bisher die Ablösung des „alten“ Counter-Strike 1.6, das immer noch den Löwenanteil der Turnier- und Profispieler beschäftigt, durch das „neue“ Counter-Strike: Source.

Auch die Tatsache, dass durch eine große Anzahl verschiedener Varianten von Grafikeinstellungen (Schatten an/aus, Lichteffekte, High Dynamic Range Rendering) das Aussehen der Spielwelt beeinflusst werden kann und Spieler sich damit Vorteile verschaffen können, ist ein Kritikpunkt. Online-Ligen wie zum Beispiel die Electronic Sports League wirken hier mit Reglementierungen entgegegen, die teilweise wiederum Spieler mit schwächeren PC-Systemen ausgrenzen können, indem bestimmte aufwendige Grafikeinstellungen für manche Maps (z. B. de_nuke) einheitlich vorgeschrieben sind.

Als letzter großer und mitentscheidener Kritikpunkt gilt die mangelhafte Cheatbekämpfung. Zwar entwickelte Valve auch in diesem Bereich mit der zweiten Version des „Valve Anticheat“ weiter, jedoch fehlt es hier an unbedingt notwendiger Dynamik, so dass auf neue Arten von Cheats – wenn überhaupt – oft nur sehr verspätet reagiert wird. Unabhängige Entwicklungen wie „Cheating Death“ sind für Counter-Strike: Source bisher nicht erschienen.